成熟脚本，直接使用首先是创建好文件夹setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\RNA_SEQ") #设置工作目录 #以下是创建差异基因结果文件夹 compare_pathfold=paste0("04.Differential\\1.DEG_list") # 创建文件夹 if (!dir.exists(compare_pathfold)) { dir.create(compare_pathfold, recursive = TRUE) cat("文件夹已创建:", compare_pathfold, "\n") } else { cat("文件夹已存在:", compare_pathfold, "\n") } #以下是创建聚类热图文件夹 heatmap_fold=paste0("04.Differential\\2.heatmap") # 创建文件夹 if (!dir.exists(heatmap_fold)) { dir.create(heatmap_fold, recursive = TRUE) cat("文件夹已创建:", heatmap_fold, "\n") } else { cat("文件夹已存在:", heatmap_fold, "\n") }创建文件夹之后，直接使用差异基因分析这部分需注意，此处使用的参数大多是deseq包默认的参数，实际情况中大部分厂家做的差异基因有自己的参数。一般是调整使得差异基因较多，并且同时，使得padj不会有缺失值。但是这种强行加上的padj往往不可信，我认为还是需要使用pvalue。当然自己计算的p