与上一篇类似但是这个更精简1.借助测序公司的功能批注程序往往包含kegg, CAZy, CARD, eggnog等不同的批注方式这其中CAYz的注释就是专门针对各种酶的。2.借助已知酶蛋白序列通过基因组\\蛋白组序列文件的blastn\\blastp功能查找相似序列E-value范围在10e-50 ~ 10e-100之间的就是我们的靶标序列E-value范围在10e-10 ~ 10e-50之间的序列可能是我们靶标序列的同系物3.通过保守功能域进行查找有时候由于各种各样的原因比如说现有数据库的基本批注功能并不能够满足我们的需求这时候先进行对现有已知酶序列进行alignment找到保守的短序列在基因组、蛋白组序列文件中直接查找这种方法大多数情况下也是可行、可信的。4.借助Interpro的Pfam蛋白功能域批注pfam功能批注并不是标准的三代测序\\宏基因组测序的分析项目但是它有一个巨大的优点在查找潜在酶蛋白序列时是很实用的它可以1对已知酶序列进行pfam批注2对测序结果 panbio\\宏基因组等进行pfam批注3根据对已知酶序列的批注情况从2的结果中筛选相同功能域的蛋白序列即是我们潜在的靶标酶序列。------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------私活移_步 --点击博主头像 可见_ ---- 微_x------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------————————————————版权声明本文为CSDN博主「WX _ jishuwu1990」的原创文章遵循CC 4.0 BY-SA版权协议转载请附上原文出处链接及本声明。原文链接https://blog.csdn.net/cory010/article/details/144656534蛋白表达亚细胞定位分析、效应蛋白分析、外分泌蛋白分析全流程 ”-----------------主打一个全流程、大批量操作病毒蛋白亚细胞定位Enzyme function prediciton using constrative learning全基因组间序列比对找差异表达序列序列进化树作图系统进化树作图pacbio测序数据分析 -- 高质量 功能酶挖掘 -- 个性化定制服务signalp6 分泌信号肽预测Interpro Pfam蛋白功能重批注全菌基因组之间的差异比较 -- 差异表达的蛋白谱分析、同源蛋白进化分析、突变后的变异分析全基因组学比较研究———基因组共线性分析找差异表达序列-----------------------------------------可用于原创发明专利申报设计序列进化树作图系统进化树作图 --- 可忽略不计pacbio测序数据分析功能酶挖掘 -- 全基因组级、三代测序级别目前暂时限于服务器计算能力只做细菌、真菌/酵母以及有蛋白组序列的三代测序数据挖掘---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------如此便可从pacbio测序结果中挖掘到自己想要的序列文件……