随着药物研发进入精准化时代靶点发现已成为创新药开发的重要环节。只有准确识别小分子药物与蛋白质之间的直接相互作用才能有效降低脱靶风险提高后续临床研究成功率。传统亲和富集方法通常需要对小分子进行化学修饰但标记探针容易改变药物原有结构同时产生空间位阻从而影响真实结合状态。因此不依赖化学标记的非标记Label-free技术逐渐成为药物靶点研究的重要发展方向。目前DARTSDrug Affinity Responsive Target Stability和LiP-MSLimited Proteolysis-Mass Spectrometry是应用最广泛的两种非标记技术。自2008年Lomenick团队建立DARTS以来该技术凭借实验流程成熟、适用于复杂样本以及数据稳定性较高等优势已成为药物研发领域的重要技术平台。LiP-MS则利用蛋白局部构象变化分析药物结合区域在结合位点研究中具有一定优势。然而两种技术在实验原理、检测能力以及复杂样本中的应用表现存在明显差异。DARTS和LiP-MS最大的区别在于检测机制不同。DARTS主要依据药物结合后蛋白整体稳定性增强这一现象开展分析。当小分子结合靶蛋白后蛋白构象发生重排对广谱蛋白酶的抗降解能力明显增强。研究人员通过限制性酶解结合质谱分析即可筛选出稳定性发生变化的候选蛋白。LiP-MS则更加关注蛋白局部构象变化。当药物结合蛋白后局部空间结构发生改变部分蛋白酶KPK酶切位点被遮挡再结合第二步胰酶消化通过比较不同肽段丰度变化推测药物结合区域。因此LiP-MS对于蛋白覆盖率和质谱检测能力具有更高要求。总体来看DARTS反映的是蛋白整体稳定性变化实验逻辑更加简单LiP-MS主要检测局部构象变化因此在复杂样本中更容易受到背景噪声影响。复杂真核体系一直是药物靶点筛选的重要应用场景。LiP-MS由于采用蛋白酶K与胰酶两步酶解会产生大量完全胰酶肽段和半胰酶肽段显著增加后续数据分析复杂度也提高了假阳性信号出现的概率。从研发平台管理角度来看这意味着更高的数据处理成本和更长的数据分析周期。2020年相关研究结果显示在真核细胞样本中LiP-MS较难准确区分真实靶点和背景噪声。同时由于质谱检测存在丰度偏向其更容易识别高丰度蛋白而低丰度关键调控蛋白容易遗漏。相比之下DARTS在复杂样本中的鲁棒性更强对于未知靶点和低丰度蛋白具有更好的筛选能力。为了提高筛选结果可信度DARTS建立了完善的数据评价标准。通常要求Unique peptide独有肽段数量不少于2条并满足FDRHigh/Medium质量控制标准。同时结合Fold ChangeFC进行分析其中FC1.2表示蛋白抗酶解能力增强FC0.833表示蛋白稳定性下降。通过上述指标共同评价可有效提高候选靶点的可靠性。在实验成本方面DARTS具有明显优势。其整体实验流程成熟、试剂成本可控、实验周期较短因此适用于科研机构、生物医药企业及药物研发平台开展常规靶点筛选。相比之下LiP-Quant虽然提高了LiP-MS理论检测能力但实验成本和生信分析复杂度均明显增加因此更多应用于特定科研项目。两种技术在应用场景方面也有所区别。LiP-MS更加适用于超小分子代谢物结合位点分析以及需要高蛋白覆盖率的结合机制研究。而对于肿瘤组织、原代细胞、皮肤及肠道类器官、中药复方水煎液以及天然产物粗提物等复杂体系DARTS则表现出更高的稳定性。此外在老药新用、多组学联合分析以及WB验证等研究项目中DARTS同样具有较好的应用价值。需要强调的是DARTS能够筛选候选靶蛋白但不能直接证明结合后的生物学功能。因此在完成靶点筛选后还应结合GO/KEGG富集分析、生物信息学分析以及SPR、WB等实验开展进一步验证形成完整的药物机制研究流程。目前DARTS已在多个创新药研发项目中取得成功应用。例如暨南大学研究团队利用DARTS发现抗过敏药物氮卓斯汀能够直接结合ARF1抑制ERK信号传导从而阻断线粒体裂变并抑制结直肠癌细胞增殖重庆医科大学确认雷公藤红素直接结合ChREBP并阐明ChREBP-TXNIP轴参与糖尿病并发症调控南方医科大学利用DARTS发现扁蒴藤素直接作用于HSPA8通过促进HSPA8泛素化降解抑制三阴性乳腺癌上海中医药大学附属曙光医院则首次证实人参皂苷Rb1能够结合RNA结合蛋白QKI抑制circRNA生物合成为天然产物药理机制研究提供了新的证据。总体而言DARTS凭借成熟的实验体系、稳定的数据质量以及复杂样本兼容能力在药物靶点鉴定领域具有明显优势。未来随着精准蛋白组学、人工智能以及多组学技术不断发展DARTS将在精准医疗和创新药研发中发挥更加重要的作用。达吉特DARTS技术客户文献部分[1]. Zhou J, Song Q, Li H, et al. Targeting circ-0034880-enriched tumor extracellular vesicles to impede SPP1highCD206 pro-tumor macrophages mediated pre-metastatic niche formation in colorectal cancer liver metastasis. Mol Cancer. 2024;23(1):168. Published 2024 Aug 20. doi:10.1186/s12943-024-02086-9.(上海中医药大学附属曙光医院) IF27.7[2]. Zhang W, Song Y, Li C, et al. Canagliflozin Alleviates Diabetic Glomerular Endothelial Injury via Melibiose in a Microbiota-Dependent Manner. Adv Sci (Weinh). Published online May 27, 2026. doi:10.1002/advs.202517222.郑州大学第一附属医院IF14.1[3]. Yang X, Lin G, Chen Y, et al. Chlorquinaldol Alleviates Lung Fibrosis in Mice by Inhibiting Fibroblast Activation through Targeting Methionine Synthase Reductase. ACS Cent Sci. 2024;10(9):1789-1802. Published 2024 Aug 28. doi:10.1021/acscentsci.4c00798.广州医科大学IF12.7[4]. Liang Y, Zhang YL, Cheng TY, et al. Senkyunolide H potentiates bone marrow-derived mesenchymal stem cells therapy for liver cirrhosis by targeting MAEA to enhance ERK-driven HGF secretion. Pharmacol Res. 2026;226:108160. doi:10.1016/j.phrs.2026.108160.上海中医药大学IF10.5[5]. Zhao R, Lu Y, Xu Q, et al. Gut blautia coccoides-derived 5Z-dodecenoic acid attenuates chronic psychological stress-induced gastric cancer progression. Int J Surg. Published online November 20, 2025. doi:10.1097/JS9.0000000000004080.(中国人民解放军总医院第一医学中心) IF10.3[6]. Zhang S, Tang L, Pu Y, et al. Patchouli alcohol triggers autophagic cell death in non-small cell lung cancer cells through targeting GNAI1 to dissociate the GNAI1/ARRB1 complex. Int J Biol Sci. 2026;22(8):4004-4024. Published 2026 Mar 30. doi:10.7150/ijbs.125690.中国上海市宝山区吴淞中心医院IF10.0