案例展示伯远生物是国家级专精特新“小巨人”企业拥有农业农村部生物育种重点实验室是国内规模领先的植物功能基因研究综合性平台。公司深耕组学与功能基因研究 15 年围绕 RNA 结合蛋白RBP机制研究将高标准 RIP-seq 技术与标准化 SOP 体系、自有高分辨质谱验证、多组学联动分析及下游功能验证深度整合构建了从“体内分子互作筛选”到“核心功能深度验证”的完整机制研究闭环助力高分文章发表与课题快速结题。核心优势•高标准植物/医学双栖专家承接高难度机制课题建立了严格的标准化 SOP 质控体系不仅在作物水稻、玉米、小麦、大豆等、模式植物领域拥有海量成功案例更与国内多家知名三甲医院开展了深度合作具备大规模队列研究与高难度机制类课题的硬核执行实力。•自有尖端质谱重器背书关键产物无忧验证斥重金打造硬核硬件平台各类设备投资超 1 亿元配备华中地区首台 Orbitrap Astral 高分辨质谱等顶尖设备。项目关键产物可直接通过自有质谱平台进行高精度验证确保 RIP 实验结果的绝对可靠性与高重复性。•伯远云平台多组学联动增强机制解析深度通过对“差异 Peak 基因”与“差异表达基因DEG”进行深度交集与关联分析系统解析 RBP 结合对下游 RNA 命运与基因功能的影响让机制推导更具说服力。•数据—验证一体化技术闭环打造完整故事链依托自主研发的表观组、转录组、基因组、翻译组、代谢组、蛋白组六大平台协同作业样本无需在多家公司间流转。通过整合 RIP-seq、RNA Pull-down、ChIP 及双荧光素酶报告系统将全转录组层面的“组学结论”快速转化为“功能证据”。植物遗传转化最快仅需 47 天证据链天然完整。•断层领先的体量与极速交付拥有 500 人科研团队硕博占比超 40%年均完成功能基因研究 50000 例。成熟的规模化平台能够实现项目的高度定制化与高时效交付。•极广的物种覆盖与顶刊口碑长期服务全球 110 多个国家和地区的 10000 个课题组及 300 家头部种业公司。技术实力经受了万余次科研实战检验。适合场景•RNA 结合蛋白RBP全转录组结合靶标筛选在全转录组范围内高效、系统地锁定特定 RNA 结合蛋白所绑定的靶 RNAmRNA、lncRNA 等候选列表。•非编码 RNA 与特定调控蛋白互作解析深入探讨 lncRNA、circRNA 或变异 mRNA 与特定调控蛋白/复合物的结合空间关系揭示转录后调控的桥梁机制。•“蛋白结合—下游表达”联动效应解析联合 RNA-seq 表达数据或蛋白质组数据深度解析蛋白结合如何影响下游 RNA 的稳定性、剪切、降解或翻译效率。•队列研究与系统性机制网络构建适用于大规模、系统性的多中心联合验证或队列研究为高水平课题提供严密的分子生物学模型证据。服务内容•风险前置评估项目启动前由技术专家团队进行多维可行性评估与方案设计对抗体资质、蛋白丰度及实验分组进行严格把关将试错成本降到最低。•标准化实验执行严格的 RNA 结合蛋白免疫共沉淀RIP、结合 RNA 的高质量分离纯化与严苛质控、高标准文库构建与高通量测序。•高级多组学分析原始数据质控与比对、结合位点Peak Calling识别、保守 Motif 分析、靶基因预测及 GO/KEGG 功能富集分析支持 RIP-seq 与 RNA-seq、蛋白组的定制化联合分析。•文章级可视化交付由 10 年经验的专家团队亲手打磨主图配色、图注与风格结果图表清晰、直观可直接用于高水平期刊投稿或基金结题并支持数据二次深度挖掘售后全程跟进。伯远生物以“技术闭环 多组学整合”为核心竞争力凭借国内领先的平台规模、自有高分辨质谱平台的重器支撑与大规模项目执行经验为全球转录后调控与 RNA-蛋白互作研究提供高性价比、快速响应、文章级交付的 RIP-seq 一站式全流程服务是科研人员与药企/种业客户的黄金合作伙伴。案例展示1、结合位点motif分析2、RNA富集热图展示3、富集RNA展示一、研究背景卵巢癌是女性生殖系统中最致命的恶性肿瘤之一早期检测和治疗手段有限导致多数患者在晚期才被诊断且易复发。现有治疗方法效果不佳迫切需要找到新的治疗靶点。非编码RNA在卵巢癌转移中的作用已受到关注但RNA结合蛋白的功能尚不清楚。研究探索了RBP在卵巢癌转移中的作用以期为卵巢癌的精准治疗提供新思路。二、研究结果研究揭示了RNA结合蛋白SORBS2在卵巢癌转移中的重要作用。通过分析发现SORBS2表达在卵巢癌组织中显著下调且与患者不良预后相关。为了研究SORBS2结合、调控的靶标RNA作者通过RIP-seq与RNA-seq关联分析找到被SORBS2结合、且在敲除SORBS2后稳定性降低或不稳定的RNA有91个SORBS2可结合这些RNA并使之更加稳定。进一步筛选发现SORBS2通过结合WFDC1和IL-17D的3非翻译区增强这些抑癌转录本的稳定性从而抑制卵巢癌的侵袭性。图 敲除SORBS2会影响直接与其结合的转录物的稳定性Zhao et al., 2018。参考文献[1] Gagliardi M, Matarazzo M R. Rip: Rna Immunoprecipitation[J].Polycomb Group Proteins: Methods and Protocols,2016: 73-86.[2] Zhao L, Wang W, Huang S, et al. The RNA binding protein SORBS2 suppresses metastatic colonization of ovarian cancer by stabilizing tumor-suppressive immunomodulatory transcripts[J].Genome Biology,2018, 19: 1-20.背景说明该技术的原理基于抗原-抗体的特异性结合通过目标蛋白的特异性抗体捕获细胞内的RNA-RBP复合物经磁珠沉淀、洗涤去除非特异性结合后分离纯化结合的RNA片段再通过高通量测序分析其序列信息结合生物信息学分析如Peak Calling筛选显著富集的RNA结合区域。实验过程中常使用甲醛交联固定RNA-蛋白相互作用以维持复合物稳定性并通过设置阴性对照如IgG抗体和阳性对照验证抗体特异性。RIP-seq技术广泛应用于研究转录因子、RNA结合蛋白等与RNA的相互作用为理解基因表达调控机制提供了重要工具。图 RIP技术流程Gagliardi M and Matarazzo M R., 2016。服务流程客户在线下单——订单/实验材料确认——样品准备——抗体沉淀蛋白-RNA复合物——免疫质控——解交联并纯化RNA片段——文库构建——文库质控——Illumina平台上机测序——生信分析——数据质控——结果交付服务内容及说明技术优势1、全转录组覆盖可系统性筛选所有与目标蛋白结合的RNA分子包括低丰度RNA2、高灵敏度与精确性通过百万级测序标签和高信噪比数据准确区分真实结合事件与背景噪音3、灵活性支持多种RNA类型mRNA、lncRNA、miRNA等和样本类型细胞、组织、肿瘤等。适用场景1、RNA结合蛋白的功能研究系统性筛选与特定RBP结合的RNA分子如mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA等揭示其在剪接、稳定性或翻译调控中的作用2、RNA修饰酶的靶点分析鉴定RNA修饰酶如m6A甲基化酶、去甲基化酶或阅读蛋白的靶点揭示修饰动态与功能关联3、解析调控机制揭示疾病如癌症中RNA-蛋白互作网络与转录组或其他表观组学整合揭示转录后调控与表观遗传网络的交叉作用。