Bindcraft用户友好的binder从头设计流程蛋白质主要依赖蛋白质-蛋白质相互作用PPI来执行复杂的生物学功能。因此设计能够特异性靶向PPI的蛋白质结合剂具有极高的治疗与生物技术价值。然而传统的实验方法以及早期基于物理的计算工具如 Rosetta往往费时费力、成功率较低低于0.1%且依赖于海量的结构采样。近年来结合RFdiffusion和ProteinMPNN的深度学习方法大幅提升了设计的成功率但仍存在一定的局限性还是需要一定程度的高通量实验支持且软件操作较为繁琐要求用户具备一定的Linux系统使用经验。为此洛桑联邦理工学院EPFL的团队开发了一款高度自动化的蛋白设计软件BindCraftNature 2025。该软件利用AlphaFold2网络的反向传播机制 能够针对极具挑战性的治疗靶点高效生成并精准识别出高亲和力结合剂。BindCraft不仅显著提升了按需设计结合剂的效率其高度封装的特性也极大降低了使用门槛为用户带来了更为便捷的操作体验。本教程将重点介绍以下内容Bindcraft的核心原理与设计实例、Bindcraft的安装与部署Bindcraft的使用方法。此教程还配备专属镜像领取该教程之后可免费领取镜像。往期我们也出了Ai驱动结合蛋白质设计的教程感兴趣的小伙伴可以点击正刊都在用的AI驱动蛋白质从头设计流程RFdiffusionProteinMPNNAlphaFold3学习哦~优惠订阅资料或参与课程请联系[Biomamba_zhushou]更多生信教程可见为什么我们敢开放终身订阅-BiomambaBindcraft核心原理BindCraft的设计管线可以清晰地分为三个主要阶段第一阶段基于动态诱导契合的初始结构生成流程首先借助ColabDesign框架下的AlphaFold2多聚体模型通过反向传播机制“幻觉”产出结合剂序列。这一步巧妙在于它并非在静态骨架上盲目设计而是每次迭代都会重新预测复合物结构 允许靶标和结合剂的主侧链发生适度形变从而通过动态的诱导契合贴合靶标位点。第二阶段聚焦真实表达率的序列重构为了解决纯粹由AF2生成的蛋白质在体外实验中往往表达量极低的问题流程引入了针对可溶性优化的MPNNsol网络 。在这一阶段系统会精准锁定并保护第一步生成的互作界面不变专门对结合剂的核心与表面序列进行重新设计从而大幅提升目标蛋白在真实环境中的折叠稳定性和表达能力。第三阶段跨模型正交验证与严苛过滤最后一步是剔除“假阳性”的质控环节。经过优化的序列会被跨模型送入 AF2 单体模型中进行重新预测以消除多聚体模型可能带来的评估偏倚。最终系统会综合 AF2 的置信度得分与经典的 Rosetta 物理能量评分体系 精准剔除物理上不合理的设计输出最终可以直接用于实验筛选的高成功率候选序列。所见即所得以html格式提供学习手册可在浏览器中打开并翻阅学习‍Bindcraft全流程教程目录一、准备工作1.1 编程基础1.2 硬件基础二、理论基础2.1 Bindcraft核心原理2.2 Bindcraft设计实例2.2.1 靶向细胞表面受体的结合剂 2.2.2 靶向未被探索的结合位点 2.2.3 掩盖至敏表面 2.2.4 AAV重定向用于基因递送三、安装部署Bindcraft3.1 常规安装对网络有要求3.1.1 安装驱动和cuda3.2 改进部署方法四、Bindcraft的使用方法4.1 Bindcraft的使用4.2 Bindcraft的使用4.2.1 基本设定参数 4.2.2 Bindcraft高级设置参数 4.2.3 Bindcraft过滤参数文末下载链接中包含以下内容测试文件总大小6.66GB往期推送Biomamba 生信基地现已开放终身订阅现已包含几十篇订阅资料未来37年持续更新为什么我们敢开放终身订阅2025年我们零差评完成订阅任务2026订阅须知2026已更新订阅内容单细胞Figure1的常见图表(Python版)告别R依赖一文搞定Python单细胞基础分析风靡一时的scTenifoldKnk单细胞虚拟基因敲除,准不准?scRNA拟时序分析三大Python包 palantir、PAGA、RNAvelocity正刊都在用的AI驱动蛋白质从头设计流程RFdiffusionProteinMPNNAlphaFold3CellphoneDB搞定细胞通讯分析scRNA-seq肿瘤细胞药物敏感性预测分析fastXXX、rapidXXX系列加速你的单细胞数据分析转录因子、基因共表达网络分析手册pySCENIC在脑、黑色素瘤中的应用让你的scRNA数据变得更干净~保姆级视频教程| 空间转录组分析手册(基于Seurat)拷贝数变异分析的python实现及R语言对比Ai驱动结合蛋白设计Bindcraft全流程教学持续更新中~解锁前需阅读2026订阅须知学习手册领取本推送教程、测试文件下载链接https://pan.baidu.com/s/1DBBUnOQRyfD9jbDEwBqf_Q提取码请联系客服获取