如何用RFdiffusion完成10种蛋白质设计从克隆仓库到看到结果的实战指南【免费下载链接】RFdiffusionCode for running RFdiffusion项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/rf/RFdiffusionRFdiffusion 是基于扩散模型的蛋白质设计工具能从头生成蛋白质结构设计蛋白质结合剂、酶、对称寡聚体都能做。本文面向有基础 Python 环境的新手跟完预计 30 分钟能跑通第一个设计。⚙️ 快速上手三步跑通第一个蛋白质设计第一步准备环境。先搞懂一个词扩散模型就是把已知结构逐步扭曲成噪声、再学会逆过程生成时从纯噪声画出新的蛋白质骨架。然后克隆仓库按项目安装说明配置环境git clone https://gitcode.com/gh_mirrors/rf/RFdiffusion第二步跑任意一个示例脚本。examples/目录里的脚本都可直接运行结果会写到脚本里 output_prefix 指定的路径。第三步看到结果。用 PyMOL 或 Chimera 打开生成的 .pdb 文件.trb 文件记录了扩散过程也可加载查看。 蛋白质设计场景怎么选先明确你要做什么10 个官方示例场景按任务归成 4 类想结合某个靶标。你手上有靶标结构想生成能贴合它界面的结合剂。推荐从examples/design_macrocyclic_binder.sh宏环结合剂或examples/design_ppi.sh蛋白-蛋白界面入手若要保留靶标上的几个关键残基用基序支架examples/design_motifscaffolding.sh。想搭对称/规则结构。产物是寡聚体或大环时需要加对称性约束也就是强制输出严格呈 N 重旋转对称。对称类型在config/inference/symmetry.yaml里指定对应示例为examples/design_tetrahedral_oligos.sh四面体和examples/design_cyclic_oligos.shC6 大环。想在已有蛋白上修改补全。结构的一部分已知、只重设计其余区域用部分扩散examples/design_partialdiffusion.sh围绕已知催化位点改造酶看examples/design_enzyme.sh。想自由探索新结构。没有靶标时用无条件生成examples/design_unconditional.sh探索折叠空间短肽层面的探索用examples/design_dihedral_oligos.sh。 蛋白质设计场景速查表设计目标推荐脚本/配置一句话适用情况蛋白质结合剂宏环设计examples/design_macrocyclic_binder.sh对靶标蛋白设计大环肽结合剂寡聚体设计四面体对称examples/design_tetrahedral_oligos.sh生成严格四面体对称寡聚体酶设计/改造examples/design_enzyme.sh围绕活性位点基序重建蛋白支架PPI界面设计examples/design_ppi.sh针对靶标热点残基设计70-100残基结合剂条件性折叠设计config/inference/base.yaml调节折叠条件如噪声尺度等推理参数部分扩散设计examples/design_partialdiffusion.sh保留部分结构只重设计其余区域大环结构设计examples/design_cyclic_oligos.sh生成C6对称的循环寡聚体对称基序设计config/inference/symmetry.yaml指定寡聚体使用的对称类型无条件生成examples/design_unconditional.sh无靶标条件探索全新折叠空间肽段设计examples/design_dihedral_oligos.sh基于二面角约束设计肽段寡聚体✅ 蛋白质设计通用流程输入PDB到结果可视化的4步第 1 步准备输入 PDB。examples/input_pdbs/里的靶标可直接用自己的结构放同一目录即可。第 2 步修改 YAML 参数。推理参数都在config/inference/。注意区分两种扩散方式整体扩散把整条链都加噪重画部分扩散只加噪指定区段、保留已知折叠做改造时选后者。第 3 步运行脚本。脚本统一调用scripts/run_inference.py传入输入 PDB、contig哪些残基保留、哪些生成和设计数量。核心模型代码扩散模型、注意力、SE3 网络——能理解三维旋转平移的网络模块都在rfdiffusion/目录新手阶段不必深入。第 4 步结果可视化。PyMOL/Chimera 打开 .pdb若寡聚体看起来不对称多半是忘了加对称性约束回到第 2 步改用 symmetry 配置重跑。行动清单先跑examples/design_unconditional.sh不需要输入 PDB、参数最短最快验证环境没问题。按自己的任务从examples/目录挑对应脚本替换靶标残基编号和 contig 设置。结果不理想时回到config/inference/调整 num_designs设计数量与 guide_scale势函数引导强度再重跑。【免费下载链接】RFdiffusionCode for running RFdiffusion项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/rf/RFdiffusion创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考 如何用RFdiffusion完成10种蛋白质设计：从克隆仓库到看到结果的实战指南
如何用RFdiffusion完成10种蛋白质设计从克隆仓库到看到结果的实战指南【免费下载链接】RFdiffusionCode for running RFdiffusion项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/rf/RFdiffusionRFdiffusion 是基于扩散模型的蛋白质设计工具能从头生成蛋白质结构设计蛋白质结合剂、酶、对称寡聚体都能做。本文面向有基础 Python 环境的新手跟完预计 30 分钟能跑通第一个设计。⚙️ 快速上手三步跑通第一个蛋白质设计第一步准备环境。先搞懂一个词扩散模型就是把已知结构逐步扭曲成噪声、再学会逆过程生成时从纯噪声画出新的蛋白质骨架。然后克隆仓库按项目安装说明配置环境git clone https://gitcode.com/gh_mirrors/rf/RFdiffusion第二步跑任意一个示例脚本。examples/目录里的脚本都可直接运行结果会写到脚本里 output_prefix 指定的路径。第三步看到结果。用 PyMOL 或 Chimera 打开生成的 .pdb 文件.trb 文件记录了扩散过程也可加载查看。 蛋白质设计场景怎么选先明确你要做什么10 个官方示例场景按任务归成 4 类想结合某个靶标。你手上有靶标结构想生成能贴合它界面的结合剂。推荐从examples/design_macrocyclic_binder.sh宏环结合剂或examples/design_ppi.sh蛋白-蛋白界面入手若要保留靶标上的几个关键残基用基序支架examples/design_motifscaffolding.sh。想搭对称/规则结构。产物是寡聚体或大环时需要加对称性约束也就是强制输出严格呈 N 重旋转对称。对称类型在config/inference/symmetry.yaml里指定对应示例为examples/design_tetrahedral_oligos.sh四面体和examples/design_cyclic_oligos.shC6 大环。想在已有蛋白上修改补全。结构的一部分已知、只重设计其余区域用部分扩散examples/design_partialdiffusion.sh围绕已知催化位点改造酶看examples/design_enzyme.sh。想自由探索新结构。没有靶标时用无条件生成examples/design_unconditional.sh探索折叠空间短肽层面的探索用examples/design_dihedral_oligos.sh。 蛋白质设计场景速查表设计目标推荐脚本/配置一句话适用情况蛋白质结合剂宏环设计examples/design_macrocyclic_binder.sh对靶标蛋白设计大环肽结合剂寡聚体设计四面体对称examples/design_tetrahedral_oligos.sh生成严格四面体对称寡聚体酶设计/改造examples/design_enzyme.sh围绕活性位点基序重建蛋白支架PPI界面设计examples/design_ppi.sh针对靶标热点残基设计70-100残基结合剂条件性折叠设计config/inference/base.yaml调节折叠条件如噪声尺度等推理参数部分扩散设计examples/design_partialdiffusion.sh保留部分结构只重设计其余区域大环结构设计examples/design_cyclic_oligos.sh生成C6对称的循环寡聚体对称基序设计config/inference/symmetry.yaml指定寡聚体使用的对称类型无条件生成examples/design_unconditional.sh无靶标条件探索全新折叠空间肽段设计examples/design_dihedral_oligos.sh基于二面角约束设计肽段寡聚体✅ 蛋白质设计通用流程输入PDB到结果可视化的4步第 1 步准备输入 PDB。examples/input_pdbs/里的靶标可直接用自己的结构放同一目录即可。第 2 步修改 YAML 参数。推理参数都在config/inference/。注意区分两种扩散方式整体扩散把整条链都加噪重画部分扩散只加噪指定区段、保留已知折叠做改造时选后者。第 3 步运行脚本。脚本统一调用scripts/run_inference.py传入输入 PDB、contig哪些残基保留、哪些生成和设计数量。核心模型代码扩散模型、注意力、SE3 网络——能理解三维旋转平移的网络模块都在rfdiffusion/目录新手阶段不必深入。第 4 步结果可视化。PyMOL/Chimera 打开 .pdb若寡聚体看起来不对称多半是忘了加对称性约束回到第 2 步改用 symmetry 配置重跑。行动清单先跑examples/design_unconditional.sh不需要输入 PDB、参数最短最快验证环境没问题。按自己的任务从examples/目录挑对应脚本替换靶标残基编号和 contig 设置。结果不理想时回到config/inference/调整 num_designs设计数量与 guide_scale势函数引导强度再重跑。【免费下载链接】RFdiffusionCode for running RFdiffusion项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/rf/RFdiffusion创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考