尧图建网站 尧图建网站 YAOTU WEB BUILD 免费咨询
ARTICLE DETAIL

资讯详情

深耕网站建设与建站编程的一线实战洞察。

MDTransport 程序:一个用于从GROMACS和LAMMPS模拟中计算输运性质的Python工具包

MDTransport 程序:一个用于从GROMACS和LAMMPS模拟中计算输运性质的Python工具包 程序, 是一种工具, 它具备模块化这一特点, 它还是开源的, 并且是可扩展的, 其用途是, 用于从相关内容里以及模拟过程中计算输运性质。新型材料被发现用于节能分离、电化学反应以及能量存储, 对扩散率、离子电导率等热物理性质进行表征是需做的事。过去几十年来, 分子动力学呀也就是MD模拟, 在材料发现流程里的性质预测方面起着重要作用。在典型性质评估流程当中, 首先使用MD模拟引擎比如等去生成目标材料或者流体的轨迹, 接着对这些轨迹开展处理, 以此来计算摩尔体积、自扩散系数、离子电导率、径向分布函数等性质。目前多种后处理工具已被开发出来用以辅助各种性质的计算。然而, 大多数这些工具是针对特定MD引擎所生成的轨迹分析的, 要是使用多个MD引擎鉴于不同MD引擎提供的独特功能, 这种情形极为常见, 那就需要掌握多种后处理工具专门知识。而且, 工具通常局限于给予MD轨迹进行常规性质的计算, 却没办法直接支持更具有高级性的分析, 像笼相关寿命、输运机制解读又或者将离子电导率分解为自相关和互相关贡献等的此类分析。为了填补这一研究方面的空白我们推出了一个具备融合性质的、基于相关情况的开源后处理工具, 此工具专门用来对估算离子电导率、自扩散系数、输运系数以及迁移数起到优化作用, 它还能够针对离子-离子相关性展开计算, 予以互相关函数进行空间方面的分解, 对相互关联以及笼相关寿命给予估算,实施簇分析, 并且对离子输运机制作出预测, 依据这些从而能够深入地去揭示电解质结构以及潜在的离子动力学相关信息。此工具, 采用的是那样一种设计, 啥样的设计, 是直观易用且模块化可即插即用的设计, 并且, 它还配备着那般样子的基于提示符的命令行界面, 这界面呢允许用户去对各种各样的输入参数进行自定义, 工具的目的, 在于为源自不同研究背景, 有着不同编程经验水平的科研人员提供服务。
返回列表